Blütezeit im Mittelalter, Reformation und die Barockzeit

Das Kloster erlebt im Mittelalter eine Zeit der Blüte. Die Reformation berührt das Kloster St. Peter in der Au, wie es damals heißt, kaum. Es bleibt eine Hochburg des Katholizismus und bietet vielen aus deutschen und Schweizer Klöstern geflüchteten Mönchen Zuflucht. Im 17. und 18. Jahrhundert begründen viele namhafte Wissenschaftler und Künstler den guten Ruf des Klosters. Zu den herausragenden Meilensteinen zählen auch die barocken Um- und Neubauten unter Abt Franz Pappus von Lautenberg, Tratzberg und Rauchenzell – ein Höhepunkt ist der 1740 begonnene Bau der Klosterkirche nach den Plänen von Franz Anton Beer und mit Johann Michael Beer als Bauführer.

Das Kloster und die Grafen von Bregenz

Der Familie der Grafen von Bregenz verdankt das Kloster auch seine erste Ausstattung mit Grundbesitz. Es erhält den Bereich des heutigen Stadtteils Vorkloster, Besitzungen in Andelsbuch – dem ursprünglichen Standort des Klosters –, die Pfarrkirche Sargans im Schweizer Kanton St. Gallen, die halbe Pfarre Bregenz, den großen Herrenhof in Alberschwende, Besitzungen in Lingenau, Güter um Staufen und Grünenbach im Allgäu sowie im Illergau.
Der zweite Sohn des Pfalzgrafen (1170–1230) begründet als Hugo I. die neue eigenständige Linie Montfort. Sein Besitz umfasst die Grafschaft über Churrätien, Tettnang, Bregenz, Feldkirch, Sonnenberg, Werdenberg und Sargans. Fortan übt das Haus Montfort die Vogtei über die Mehrerau aus.

Vogtei des Hauses Montfort

Auch die Montforter  lassen dem Kloster immer wieder Schenkungen zukommen. Besonders Graf Hugo V. (geb. 1357) erweist sich als äußerst großzügig und schenkt dem Kloster Güter in Andelsbuch, Hard, Bizau und vor der Bregenzer Klause. Dazu kommen noch zahlreiche Schenkungen von Laien und Mönchen. Zudem setzen im 13./14. Jahrhundert größere Güterkäufe ein. Über den Klosterbesitz im Mittelalter informiert unter anderem eine päpstliche Schutzurkunde vom 17. September 1249, die insgesamt 60 Orte nennt, in denen das Kloster zum Teil bedeutenden Besitz hatte.

Der stetig steigende Besitzstand erreicht im 15. Jahrhundert einen Höhepunkt, als Grundbesitz in 134 Orten in Vorarlberg, 159 im Allgäu und Oberschwaben, 6 in Baden und 6 in der Schweiz nachgewiesen werden kann. Die Besiedlung und Erschließung des Bregenzerwaldes ist eng mit dem Bregenzer Kloster verbunden.

Während des staufisch-päpstlichen Konflikts um die Mitte des 13. Jahrhunderts und den Appenzellerkriegen 1405/1408 wird die Mehrerau schwer heimgesucht, geplündert und teilweise zerstört.
Gemäß der benediktinischen Maxime „ora et labora“ wirtschaftet das Kloster zunächst mit der eigenen Hand der Mönche. Durch den anwachsenden Besitzstand werden aber neue Wege der Bewirtschaftung gefunden – es entstehen Musterbetriebe in Form von Großhöfen; die Mönche werden zu Lehrmeistern, es entstanden auch Schulbetriebe, wie z. B. in Lingenau.

Das vorläufige Ende des Klosters

1805 ergeht im Todesjahr von Abt Franciscus II. das königlich bayerische Aufhebungsedikt der Bayerischen Zwischenregierung, was am 01.08.1806 zur Auflösung des Konvents führt. Der Kirchturm wird gesprengt, die Kirche geschliffen und alles, was man gebrauchen kann, wird verkauft. So werden zum Beispiel die Steine von Kirche und Kirchturm für den Bau des nahen Lindauer Hafens verwendet.